农产品冷链物流完整流程包括生产、运输、存储、流通、包装、配送、农贸市场、超市以及消费者。由于我国的冷链物流发展尚不完善, 因而农产品冷链物流各个环节会存在一定的问题。

在运输环节, 存在的问题包括:第一, 缺乏产品质量检验的统一标准;第二, 冷藏设备过于陈旧, 先进设备的使用率较低;第三, 冷藏技术落后及相应人才的专业素质低下, 造成农产品损耗程度较大;第四, 优化交通运输路线能力低, 且可转换性低。在运输的装卸过程中, 农产品的机械化程度低, 造成成本增加, 降低流通效率, 且装卸过程中无法保证严格的低温环境, 这影响了产品质量。

在农产品的存储环节中, 存在的问题包括:第一, 仓库与生产加工部门地理位置分布不合理, 增加了流通时间;第二, 仓库的冷藏设备的技术水平差、容量小、能耗大, 对环境污染严重;第三, 仓库设备的自动化水平低, 增加了人员管理成本;第四, 仓库管理人员技术素质差, 存在违规操作的现象;第五, 农产品仓库的功能少, 增值业务少。
在流通与包装环节, 存在的问题包括:第一, 生产制造环节无法保障严格的低温环境;第二, 加工设施水平落后, 加工效率低;第三, 废弃物严重污染生态环境;第四, 包装的保鲜水平低, 严重影响农产品质量;第五, 包装的自动化水平低, 缺乏统一的行业规范。
在农产品的配送环节, 存在的问题包括:第一, 产品配送的设备配置低, 影响流通效率;第二, 配送环节的信息技术水平低;第三, 物流配送环节增值业务较少;第四, 配送的市场程度低。