多级供应链使得市场信息不畅，批发商可能无法准确掌握较近的批发市场价格、需求信息，不愿意贸然进入，而距离更远的批发市场吞吐量大，销售风险更低。例如在贵州省贵阳市一直缺乏中高品质蔬菜，但省内黔东南蔬菜年外销量为10万吨左右。

由于市场信息不对称，黔东南不知道贵阳市场需求如此大，也不了解贵阳消费者在什么时间段需要哪些蔬菜及价格等信息，导致菜农不敢贸然大规模进入贵阳市场。其农委总农艺师甚至仍在外考察广州批发市场，帮助黔东南菜农找市场，其表示如果早知道贵阳市场有如此强烈的合作愿望，肯定更愿意与贵阳方面洽谈。

由于供应链多层级，农户与下游双方信息不对称，使得农户只能向信息更透明的远地的批发市场运输，造成效率不效率问题。

销售的生鲜难以溯源，食品安全存在较高隐患。生鲜经过在多级供应链中的流通中，经过层层加工、包装、运输，溯源信息难以保存，一旦出现质量问题，甚至很难追溯同一品类生鲜不同源地，由此容易造成食品安全存在较高隐患。

超额收益的分散使消费者承担更高的生鲜价格。当前生鲜产地的收购价与终端售价的差距很大，其中大部分是因运输、包装、挑拣等环节的必要成本加价。

尽管生鲜的流通利润在经过地头、各级批发商、到终端零售商的分摊后，每个环节的利润率均很低。但在较长的供应链上，农村经纪商对各地不同生鲜市场的品类、价格、质量等信息的了解、多级批发商对市场风险的承担仍分散了一定的超额收益，若能够减少供应链环节，使收益可以集中在农户、零售商上，生鲜零售价可以进一步降低。