缺乏完善的行业或国家标准

目前医药品冷链物流的冷库、冷藏车的制冷效率、能耗没有明确的国家标准，造成我国医药品冷链物流低效率高成本的运作。冷藏车尺寸、托盘尺寸、冷库尺寸缺乏明确的标准,就会影响装卸搬运效率;冷藏药品储运的不规范，有些没有纳入到正规的医药流通管理范围，往往带来药物失效等不好的结果。

医药品冷链物流基础硬件设施落后

我国目前冷藏运力不足。铁路方面，冷藏车仅占总量的2%左右，且大多是陈旧的机械式速冻车皮。公路方面，现代化的冷藏卡车严重不足，相对于达达国家，我国冷藏保温汽车的占有率极低，仅为货运汽车比例的0.3%，美国为1%、英国为2.6%。

市场化程度低

第三方医药品冷链物流发展滞后。我国医药品的冷链物流配送业务多由供应商和自己完成,市场规模不大，区域性特征较强。医药品冷链的第三方物流企业涉及少，缺乏化和规模化;服务网络和信息系统不够健全，缺乏准确性和及时性，难以形成高效率的冷链物流配送，冷链物流的成本和商品损耗亦高。

医药品冷链物流信息技术落后

由于目前我国缺乏医药品冷链中冷藏技术，致使冷链成本居高不下。许多企业没有建立完善的冷链信息系统，无法实时监控温度，传递信息，实现信息共享。