其一，制度体系不完善。面向中长期的国家层面生物经济发展战略顶层设计亟待出台，强有力、跨部门的专项行动策划、组织和实施不适应生物经济时代复杂多变的形势，稳定、长期、高效的法律和政策保障环境仍待完善。

其二，科技创新储备不坚实。与信息经济时代的情景类似，我国生命科学、生物技术发展水平与发达国家相比仍有较大差距，生物产业开拓性、颠覆性的创新成果与生物经济强国愿景不匹配，产业链供应链“卡脖子”问题比较突出。

其三，生物资源保护、开发利用体系不健全。当前，我国大量具有中国特色的生物资源、样本和数据还没有被充分挖掘和保护，在建或已建的科技基础设施尚未形成统一管理、数据互通的资源数据共享体系，特有的生物资源和数据优势尚未充分发挥。