一体化的结构体系难以形成，我国医药冷链物流行业正处于初级发展阶段，与体系健全的发达国家相比，冷链物流行业呈现规模小且分布杂乱的现象。医药行业上下游未整体规划，成为我国冷链物流发展的障碍，从而使得医药冷链物流流通效率低下。监管体系缺失，山东的疫苗事件中，体现出销往24个省市的疫苗各方面监管力度小。制药企业和各大医疗机构由不同部门管理，这种分段监管方式存在很大的漏洞。

医药冷链物流人才培养体制贫乏，经调查，中国的大学中把物流管理与医药知识结合少之又少，单方面精通的人才对于医药冷链物流无法完全胜任，通过调研冷链物流企业，了解到培养物流人员有关冷链物流的相关知识来胜任冷链物流工作的计划进展缓慢，使得人才成为完善医药冷链物流体系的重要制约因素。

医药行业上下游未整体规划，医药物流公司十分分散，许多下游需求店铺及用户因物流体系不完善而放弃该种药品的引入和使用。