由于医药物流的特殊性，第三方物流企业也面临着不小的挑战。例如，与传统医药经营企业相比，第三方物流往往缺乏药品知识以及人才配置，对医药物流的特殊要求、质量意识的理解也不深刻，从而对药品运输途中的规范性和安全性难以保障，导致医药运输过程中存在较大风险。此外，就医药运输中关键的冷链手段而言，也仍存在成本过高、技术水平不完善等痛点。为了克服这些先天不足，第三方物流企业往往会通过借力合作和应用先进技术的方式来补齐短板。 

外国发达国家可以通过药品冷链物流的信息化管理，提高冷链物流业的效率。我国对医疗服务业更加重视的是，必须学习外国冷链物流技术，完成药品整个过程信息化的跟踪，通过信息反馈保持药品的环境真实性，更加智能地控制生产、存储和运输过程，这是发展的必由之路。