我国上游实质上仍以个体种植为主，农户经营的分散状况并未得到根本改变。主要系：合作社管理、科技水平低，融资难，农民合作意愿受地域影响，追求政府补贴为主，一定程度阻碍了合作社的发展和规模壮大。

管理、科技水平差，合作社收益不大。合作社社员均是农户，缺乏科学的管理素质和技术创新观念，在内部运行、财务管理、科技运用、生鲜市场动向洞察、各种政策法规把握等方面都很匮乏，大大制约了合作社规范的快速发展。

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融资难，资本投入少，技术落后，无法扩大规模。由于合作社组织结构松散、信用体系不健全使得担保责任主体不清晰，且融资时多以土地、劳动力、技术抵押，贷款变现难，融资公司不愿意借款，虽有政府补贴政策，但资金缺口大。因此合作社资金主要来源是社员出资，但其投资意愿较弱，资金少，生产流动性资金缺乏。

农民受地域、关系影响，合作意识不强，不愿意与外地农户合作，更愿意和相同村庄的附近村民联合入社，“一村多社”现象普遍，阻碍了合作社联合发展。

法规不健全，很多合作社形同虚设，只为享受政府补贴。很多合作社是因一些涉农企业为了各种财政扶持、税收减免与金融服务等优惠政策钻了法律的空子而成立，农民根本不了解合作社，也无法享受到加入合作社的收益，使得合作社未取得实绩。